1、水源的选择与保护; 应在洪水上游或内涝地区污染较少的水域选择饮用水水源取水点，并划出一定范围，严禁在此区域内排放粪便、污水与垃圾。有条件的地区宜在取水点设码头，以便离岸边一定距离处取水。

2、退水后水源的选择; 无自来水的地区，尽可能利用井水为饮用水水源。水井应有井台、井栏、井盖，井的周围30m内禁止设有厕所猪圈以及其他可能污染地下水的设施。取水应有专用的取水桶。有条件的地区可延伸现有的自来水供水管线。

3、对饮用水进行净化消毒；煮沸是十分有效的灭菌方法。在有条件时可采用过滤方法。但在洪涝灾害期间，最主要的饮用水消毒方法是采用消毒剂消毒。

4、加强供水设施消毒; 被洪水淹没过的水源或供水设施重新启用前必须清理消毒，检查细菌学指标合格后方能启用。经水淹的井必须进行清淤、冲洗与消毒。先将水井掏干，清除淤泥，用清水冲洗井壁、井底，再掏尽污水，待水井自然渗水到正常水位后，投加漂白粉浸泡12~24h后，抽出井水，待自然渗水到正常水位后，按正常消毒方法（一吨水加漂白粉4克，如污染较重加漂白粉8克/吨）消毒，即可投入正常使用。